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Algumas das aplicações e possíveis desvantagens
Impacto Ambiental
A manipulação genética é uma ciência recente e ainda pouco conhecida. As consequências para um ecossistema da introdução de um organismo geneticamente modificado não são nada previsíveis.
 
Um exemplo poderá ser uma produção de tomates que continha ou produzia uma toxina letal contra os mosquitos da zona. Esses mosquitos eram aniquilados e com eles os lagartos, seus predadores no ecossistema. O mesmo aconteceria às aves que se alimentam dos lagartos, prosseguindo até ao topo da cadeia alimentar.
 
Saúde pública
A introdução de novos genes em produtos alimentares pode ter consequências imprevisíveis para os humanos. A modificação de uma cadeia de ADN implica sempre efeitos colaterais e imprevisíveis, podendo causar doenças e alergias. Existem relatos que há uns anos, 37 pessoas morreram e milhares ficaram a sofrer de uma doença muito rara que afecta o sistema imunitário, depois de terem consumido um suplemento alimentar produzido a partir de uma bactéria geneticamente modificada.
 
Nos Estados Unidos cerca de 2,5 a 5 milhões de pessoas, a maioria crianças, apresentam reacções alérgicas associadas a uma soja transgénica. Esta possui genes da castanha-do-pará para aumentar o nível de metionina, aminoácido importante para as actividades cerebrais.
  
Questões éticas
Os organismos geneticamente modificados devem ser devidamente rotulados como tal, para que o consumidor tenha direito à escolha.
 
Existe legislação que regulamenta a informação que deverá estar impressa nos rótulos dos alimentos bem como a rastreabilidade dos mesmos (ver legislação Qualfood).

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