Embora muitos protozoários sejam inofensivos para os humanos, outros são patogénicos, podendo provocar doenças graves. Entre os mais conhecidos estão as quatro espécies de Plasmodium causadores da malária. Este protozoário, que é transmitido através de um mosquito, já matou mais pessoas que qualquer outro microrganismo. Outro protozoário, o Trypanossoma , causa inflamações no cérebro - doença do sono - que causam a morte. O transmissor é um insecto, uma mosca. Contudo, nem todas as doenças provocadas por protozoários são transmitidas por insectos. Algumas são transmitidas através de alimentos e da água que foi contaminada pelas fezes. Por exemplo, a Entamoeba histolytica , uma amiba gastrointestinal, é responsável pela desinteria amibiana (diarreia de sangue) que atinge muitos milhões de pessoas. Há protozoários que são de grande utilidade. Conjuntamente com outros microrganismos, decompõem os cadáveres e reciclam os nutrientes. Muitos deles, heterotróficos, fazem parte do zooplâncton, um importante elemento das cadeias alimentares aquáticas. Alimentando-se de algas microscópicas, convertem os constituintes das algas (alguns dos quais, como, por exemplo, a celulose da parede celular, são nutricionalmente inacessíveis aos animais) num constituinte do próprio protozoário que é digerível por todos os consumidores. É a existência destes seres vivos no trato digestivo dos herbívoros que permite a digestão da celulose.